有時候由于假期或者是其他的一些原因，總會讓實驗室超純水系統長期停機，當再次啟用時肯定有污染物肯定要被帶入過濾設備，盡管說反滲透膜能夠去除百分之九十以上的雜質，可是仍是會有一小部分的雜質會進入下一級。還有離子交換樹脂長時間不必也會被微生物污染，因為儀器一旦長久不必樹脂將是微生物的培養基，這樣的話一旦取用超純水，污染雜質流出，超純水達不到分析測試的要求，會干擾試驗數據，會給客戶帶來一些不必要的麻煩。在長期停用之后，為了機器能正常運行，我們要采取下面的一些保護辦法。
 

　　1、清洗反滲透體系中的膜元件；

　　2、用反滲透產出的水質制造殺菌液，并用殺菌液沖刷反滲透體系；

　　3、用殺菌液充溢反滲透體系后，封閉相關閥門使殺菌液保存于體系中，此時應承認體系*充溢；

　　4、假如體系溫度低于27℃，應每隔一個月用新的殺菌液進行前兩個過程，假如體系溫度高于27℃，則應每隔半個月替換一次殺菌液；

　　5、在單級反滲透實驗室超純水系統從頭投入使用前，用低壓給水沖刷體系一小時，然后再用高壓給水沖刷體系5分鐘，不管低壓沖刷仍是高壓沖刷時，體系的產水排放閥均應全部打開。在康復體系正常操作之前，要檢查并承認產品的水中不含任何殺菌劑。

　　實驗室超純水系統長久不必或者是很少用的某一個取水口的情況下，主張每隔幾天放一些水出來，這樣會使污染物及時排出，再者超純水設備不能擱置過久不必每天放一些超純水出來很有利于儀器的耗材壽命的添加，為了將來能夠使試驗正常進行，必須施行必定的應對辦法。